引起死棵的原因主要有枯萎病和根腐病。一般来说，区分这两种病害可从下面这几种症状区分。
枯萎病：发病速度较慢，西红柿一般坐住三至四穗果后陆续发病，首先叶片从下至上出现萎蔫，早晚可恢复，2-3天后萎蔫叶片不再恢复，整株青干死亡。地下根系变褐色，地表以上约40厘米以下维管束变黑色，髓部正常。瓜类发病一般植株高约一米。纵剖维管束有轻微褐变，似开水烫过。
根腐病：发病较早，定植后半月左右就可发病。也是叶片出现萎蔫，早晚可复原，反复多日后，逐渐变黄，后整株黄枯死亡。根系变褐，表皮腐烂，易剥离。发病部位是根系或地表附近，出现褐变多在茎基20厘米以下。
防治方法：针对该两种病害，还没有特别有效的药剂，一旦发病，难以治疗。做好预防工作是控制这两种病的有效手段。一是利用大棚休闲期，药剂高温闷棚处理，杀死或减少有害病菌数量，药物有氰胺化钙、威百亩等，也可使用大量有益菌来控制有害菌的方法，且收到很好效果。山东省寿光市古城街道一菜农，今年使用了优旺、土师傅、菌辉大地有益菌剂，总共得病不超过10株，未得病植株都是7穗果实，生长健壮。二是早期预防，定植缓苗后就可药剂灌根，最好掺生根剂。西红柿可在坐果后开始，用25%氰烯菌酯900倍液灌根，每株350-500克药液，间隔10-15天，连续3次。也可用3%甲霜·恶霉500倍液、54.5%恶霉·福600液灌根，间隔7天，连续2-3次。
